在《水落石出3》中，刑警队长刘明带领专案组调查一起离奇的连环失踪案。多名年轻女性在深夜失踪，现场只留下神秘的水渍和一块古老的玉佩。随着调查深入，刘明发现这些案件与十年前的一桩悬案惊人相似。嫌疑目标锁定在一位沉默寡言的古董商身上，但他似乎拥有完美的不在场证明。专案组通过现代科技与古老线索的结合，逐步揭开迷雾，最终发现真凶竟然是一个利用地下暗河藏匿受害者的犯罪团伙。影片在紧张刺激的追捕中，展现了刑警的智慧与勇气，以及正义终将水落石出的信念。